Стремясь к профессиональному росту, он поставил перед собой цель стать летчиком-испытателем. В 1975 году был зачислен в их состав, а с 1976 года работал в Опытно-конструкторском бюро имени А. И. Микояна. За годы службы испытал более пятидесяти новых образцов боевой авиационной техники, внес значительный вклад в повышение надежности, безопасности и боевых возможностей современных самолетов, заслужив репутацию одного из лучших летчиков-испытателей своего времени.
В 1988 году Токтар Аубакиров впервые в истории Советского Союза успешно выполнил полет к Северному полюсу с двумя дозаправками в воздухе. За проявленные мужество и высокое летное мастерство ему было присвоено звание Героя Советского Союза.
В 1989 году он первым в мире осуществил посадку палубного истребителя МиГ-29К на авианесущий крейсер, а затем впервые выполнил его взлет с палубы с использованием трамплина. Это достижение было занесено в Книгу рекордов Гиннесса.
2 октября 1991 года Токтар Аубакиров совершил исторический космический полет на корабле «Союз ТМ-13», став первым казахстанцем в космосе. На орбитальной станции «Мир» он провел 7 суток 22 часа 13 минут, выполнив обширную научно-исследовательскую программу. В ходе экспедиции были проведены эксперименты в области экологии, медицины, биологии и материаловедения. Особое значение имели исследования экологического состояния Аральского моря, получившие высокую оценку научного сообщества.
После обретения Казахстаном независимости Токтар Аубакиров принимал активное участие в становлении национальной космической отрасли, работая советником Президента по вопросам космоса. В 1992–1993 годах занимал должность заместителя министра обороны и внес значительный вклад в формирование организационных и правовых основ Вооруженных сил страны.
В дальнейшем он неоднократно избирался депутатом Мажилиса Парламента, принимая активное участие в общественно-политической жизни государства.
Сегодня Токтар Онгарбаевич продолжает активную общественную деятельность, уделяя особое внимание патриотическому воспитанию молодежи, повышению престижа военной службы и популяризации национальных духовных ценностей. Он является также кавалером ордена «Отан» и многих других государственных и международных наград.
Жизненный путь Токтара Аубакирова – яркий пример беззаветного служения Родине, высокого профессионализма, мужества и ответственности. Его имя навсегда вписано в историю отечественной авиации, космонавтики и становления Вооруженных сил Казахстана.